1. Chrono Cross结局
条件:用ChronoCross/クロノクロス战胜最终BOSS。
简介:TimeDevourer/時を喰らうもの解体,Schala/サラ被解放了出来,她指出曾经一分为二的时空会重新合并,而他们也会失去对这场经历的全部记忆。Serge/セルジュ醒来之后发现自己在Opassa Beach/オパーサの浜,而Leena/レナ就在身边,就像这场冒险还没有发生一样。不过奇怪的是,他似乎还保留着先前的一部分记忆,只是Leena/レナ完全不明白他在说什么……
 
2. Bad Ending
条件:不用ChronoCross/クロノクロス,直接打败最终BOSS
简介:TimeDevourer/時を喰らうもの解体,当然Schala/サラ也就跟着一同毁灭了。
 
(以下结局只有二周目及往后才能达成)
3. 开发室结局
条件:Serge/セルジュ和Leena/レナ对话之前独自击败TimeDevourer/時を喰らうもの
简介:类似前作的开发室,参与游戏开发的人员以游戏中角色的形象出现在Viper Manor/蛇骨館,玩家可以控制主角和他们对话……
 
4. Kid大佐
条件:侵入Viper Manor/蛇骨館之前,战胜TimeDevourer/時を喰らうもの
简介:Serge/セルジュ回到了Arni/アルニ村成了渔夫,Kid/キッド看到他和Leena/レナ在一起之后转身离开了。Kid/キッド独自闯入Viper Manor/蛇骨館杀死了Lynx/ヤマネコ,夺走了Frozen Flame/凍てついた炎,成了El Nido/エルニド新任领主。后来她的军队战胜了Porre/パレポリ以及周围的国家,建立了Acacia/アカシア帝国,而Frozen Flame/凍てついた炎从此之后就伴随在皇帝Kid的身边。
 
5. 勇者 版本1
条件:Kid/キッド中毒期间战胜最终BOSS
简介:Lisa/リサ取得了选美比赛的冠军,Serge/セルジュ去了去了Lisa/リサ的元素商店工作,Leena/レナ来访之后抱怨一番并指责Lisa/リサ的RP有问题之后,对方反唇相讥说她只能一个人回家了……Kid/キッド被Norris/イシト所救,作为Porre/パレポリ间谍和后者一起在Viper Manor/蛇骨館的厨房洗盘子。Pierre/ピエール被Solt/ソルトン和Peppor/シュガール雇佣,前往Fort Dragonia/古龍の砦讨伐Lynx/ヤマネコ,结果Pierre/ピエール因为前一天晚上Zappa/ザッパ请客而吃坏了肚子……从此之后,再也没有人见过那三个人。
 
6. 勇者 版本2
条件:Kid/キッド解毒之后,主角变成Lynx/ヤマネコ前战胜最终BOSS
简介:Lisa/リサ取得了选美比赛的冠军,Serge/セルジュ去了去了Lisa/リサ的元素商店工作,Leena/レナ来访之后抱怨一番并指责Lisa/リサ的RP有问题之后,对方反唇相讥说她只能一个人回家了……Leena/レナ走后,Kid/キッド进入元素商店,几句话之后两个人又吵了起来,Lisa/リサ挖苦道据说一个金发女孩在预选赛就被淘汰了……Pierre/ピエール被Solt/ソルトン和Peppor/シュガール雇佣,前往Fort Dragonia/古龍の砦讨伐Lynx/ヤマネコ,结果Pierre/ピエール因为前一天晚上Zappa/ザッパ请客而吃坏了肚子……从此之后,再也没有人见过那三个人。
 
7. 勇者 版本3
条件:走寻找解药的路线并且发生Korcha/コルチャ求婚的剧情,主角变成Lynx/ヤマネコ前战胜最终BOSS
简介:Lisa/リサ取得了选美比赛的冠军,Serge/セルジュ去了去了Lisa/リサ的元素商店工作,Leena/レナ来访之后抱怨一番并指责Lisa/リサ的RP有问题之后,对方反唇相讥说她只能一个人回家了……Leena/レナ走后,Kid/キッド进入元素商店,几句话之后两个人又吵了起来,Lisa/リサ挖苦道据说一个金发女孩在预选赛就被淘汰了……Korcha/コルチャ这时候走了进来询问先前求婚的事情,不巧被Macha/ママチャ给打断了……Pierre/ピエール被Solt/ソルトン和Peppor/シュガール雇佣,前往Fort Dragonia/古龍の砦讨伐Lynx/ヤマネコ,结果Pierre/ピエール因为前一天晚上Zappa/ザッパ请客而吃坏了肚子……从此之后,再也没有人见过那三个人。
 
8. Magical Dreamers
条件:Nikki/スラッシュ和Razzly/ラズリー已经加入,Kid/キッド恢复之后,主角变成Lynx/ヤマネコ前战胜最终BOSS
简介:Lisa/リサ和Leena/レナ跑去看Magical Dreamers的演出,Serge/セルジュ、Kid/キッド和Razzly/ラズリー成了乐队的新成员(Serge/セルジュ是鼓手,Kid/キッド是主唱,Razzly/ラズリー则是吉祥物)……
 
9. 新的开端
条件:主角变成Lynx/ヤマネコ后,营救Riddel/リデル之前战胜最终BOSS
简介:Lynx/ヤマネコ和Harle/ツクヨミ定居在了Marbule/マブーレ村,那里的亚人对他都很敬重,连贤者都要把位置让给他……“Serge/セルジュ”杀死了龙骑士团的所有人,最后在Pearly Gates/神の門被Radius/ラディウス、Zappa/ザッパ和Fargo/ファルガ截住,但是Kid/キッド忽然跳了出来声称绝不会让他们妨碍Serge/セルジュ的计划……
 
10. 决战
条件:营救Riddel/リデル之后,去Hermit's Hideaway/隠者の小屋之前战胜最终BOSS
简介:Viper/蛇骨召集了龙骑士团的人和Dark Serge/ダークセルジュ的手下在S.S. Invincible/天下無敵号上展开了激战,双方互有伤亡,最后龙骑士团的人在舰桥的位置堵住了Dark Serge/ダークセルジュ……“Lynx/ヤマネコ”和Harle/ツクヨミ正在Marbule/マブーレ村的住处讨论晚饭的问题,Kid/キッド闯了进来……
 
11. 宿命和冻结之炎
条件:Harle/ツクヨミ离队之后,Terra Tower/星の塔出现之前战胜最终BOSS
简介:Dark Serge/ダークセルジュ和Kid/キッド成功进入了Chronopolis/クロノポリス,前者走进了Frozen Flame/凍てついた炎的房间,后者则在对付赶来阻止他们的Harle/ツクヨミ……画面切换到Arni/アルニ村,有人正在使用命运之书,它忽然变黑了,那人慌忙跑去向村长报告……画面再次切换回Dark Serge/ダークセルジュ,他声称自己终于可以再次变为“宿命”了……
 
12. 改行
条件:打败Dario/ダリオ之后,但Terra Tower/星の塔出现之前战胜最终BOSS
简介:Viper Manor/蛇骨館被改造成保育园,孩子们正在接受Viper/蛇骨“园长”的训话,有人建议Dario/ダリオ成立龙骑士团的童子军,Dario/ダリオ听到之后说考虑到费用问题,要暂时对Riddel/リデル保密,他们随后大笑了起来……Dark Serge/ダークセルジュ、Kid/キッド和Harle/ツクヨミ走进了龙尾亭酒吧——现在已经是龙骑士团四天王和Luccia/ルチアナ等人经营的蛇骨酒吧了,Dark Serge/ダークセルジュ点了啤酒,但是Harle/ツクヨミ提醒他还不到喝酒的年龄,于是他们各自要了些饮料。之后两个Starky/星の子的同类走了进来,他们认为考察计划已经完成,开始商量毁灭这个星球的计划。最后Dark Serge/ダークセルジュ收到了一份天价的账单,他正要找人理论,Zoah/ゾア出面打劫了他……
 
13. 亚人的逆袭
条件:Terra Tower/星の塔还在空中的时候战胜最终BOSS
简介:龙神召集了Marbule/マブーレ村的贤者和矮人们的头目在Sky Dragon Isle/天龍の島商量反击人类的计划。最终亚人们战胜了人类,整个El Nido/エルニド又是亚人的天下了。Harle/ツクヨミ走过Arni/アルニ村,那里的亚人都在谈论人类以往所犯下的罪行,她采了一些花,放在了Cape Howl/風鳴きの岬的墓碑前。